Créer un Github scientifique et professionnel

L’accès public (comme l’option sur Github) est l’un des concepts clés de la science ouverte, qui vise à distribuer les résultats de la recherche (par exemple, les articles scientifiques universitaires) au public pour accélérer la recherche, sans frais ni autres obstacles à l’accès. Il a été adopté par un nombre croissant de chercheurs et d’agences dans différents domaines. Parallèlement, les logiciels développés au cours du processus de recherche scientifique sont souvent publiés sous forme de logiciels open source (OSS) pour promouvoir la recherche reproductible et augmenter les chances d’avoir un impact plus fort. Les OSS peuvent être copiés et distribués pratiquement sans frais, ouvrant potentiellement la porte à des niveaux sans précédent de partage et d’innovation collaborative.

Les défis de reproductibilité et les pistes d’artefacts qui ont été accueillis lors de conférences internationales ont renforcé les liens entre les logiciels et les articles scientifiques. On peut affirmer qu’un article a plus de chances d’avoir un impact réel si son code est accessible ; les lecteurs sont en mesure d’examiner le code, d’exécuter le code et d’évaluer les contributions en tenant compte de tous les détails du travail (qui sont souvent omis dans l’article).

Github

Notebooks et Markdown

Python est le langage principalement utilisé dans la science des données, et il existe de nombreux IDE différents que vous pouvez utiliser pour coder en Python, mais pour créer un rapport structuré avec du code propre et des annotations, les Jupyter Notebooks sont la voie à suivre. Voici quelques conseils pour rendre votre notebook plus accessible :

Utilisez des balises Markdown : si votre code est long ou complexe, il serait très utile d’avoir des titres, des sous-titres et des descriptions Markdown pour les morceaux de code sur lesquels vous avez travaillé. En procédant ainsi, une personne non technique ou qui n’est pas aussi experte que vous en codage peut comprendre pourquoi de telles mesures sont prises et ce que font certaines cellules.

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